A partir da documentação, com o comando man stow, podemos verificar que ele foi criado para auxiliar que pacotes compilados da fonte pudesse ter seus binários linkados para os diretórios padrão, permitindo assim uma maior flexibilidade sobre qual versão poderíamos usar no sistema, isto é, o ususário compila em seu diretório pessoal e faz os links simbólicos dentro dos diretórios padrão, por exemplo, /usr/local/bin/emacs será um link para o binário emacs dentro de um diretório que possue o emacs compilado direto da fonte.

Hoje os gerenciadores de pacote modernos já constroem os links e muitos como o Nix e o Guix conseguem gerenciar versões distintas do mesmo pacote de uma forma até simples, então o que resta de funcionalidade para o stow?

Em sistemas tipo Debian, apenas faça

sudo apt install stow